大多動植物從國外進口入關的過程中都要經過層層的檢查與把關，這些動作統稱為「檢疫」，為的是避免讓外來的病蟲害衝擊到境內原有的生態環境，同理，當我們從水族館把精心挑選的魚隻帶回家後也千萬不要急著將牠們放入原本混養的魚缸中，避免意外夾帶外來的病菌與寄生蟲，擴散感染到原本缸中的健康成員。
1.設置檢疫缸
盡量不要將新進魚隻放入混養的主缸中做檢疫，避免交叉感染失去檢疫的目的，因此需準備一個空缸作為隔離檢疫之用，不需要過大的缸體，但也不宜過度擁擠(狹小的空間易導致魚隻的緊迫)，缸中設備盡量乾淨簡單(減少病菌躲藏孳生的地方)，如檢疫魚隻不多，設置簡易的過濾系統即可。
2.觀察魚隻狀態對症處理
當魚隻進入檢疫缸後，盡量減少光源照射，可加快魚隻對新環境的適應。前一兩天先不要餵食，讓新魚將腸道消化系統中的廢物排乾淨，期間我們須仔細觀察魚隻是否有外傷、病狀或是其他不適應的徵兆，例如魚體脫膜、變暗、凸肚、原有的亮麗光澤消失等狀態，再對症處理。在魚體沒有明顯外傷時可少量在水中加入蘆薈鹽(比例約四公升的水對1公克的蘆薈鹽) 與營養素(維他命)，可適度舒緩魚隻因不停更換環境所產生的緊迫感，並恢復魚隻的活力，如魚體有外傷或是其他病症的顯現則須依狀況配合使用滅菌性藥劑或是體內外蟲藥物來做殺菌治療，防止新進魚隻因不適應環境，在較為虛弱的狀態下病狀爆發。
3.餵食與換水
檢疫經過兩三天的危險期待後，就可以開始餵食並逐步增加換水的頻率與換水量，一開始為了魚隻能保持足夠的體力適應環境，餵食以魚隻容易接受的餌料為主，不要在這個階段嘗試訓餌，避免挑食導致魚體虛弱，每次換水時可導入部分家中原本混養缸中的舊水讓檢疫缸與混養缸的水質慢慢趨近相同，經過長時間多次反覆的換水會逐步將魚隻體內外的病原體代謝掉，種種狀況慢慢排除後檢疫流程就告一段落了。
說實在的檢疫沒有絕對的方法或時程表(兩三天到兩三個月都大有人在)，需依魚隻來源、種類、魚體大小還有當下魚隻的狀況做綜合評估才能做出最適合的判斷與處理，像是龍魚、七彩魚、異形魚等較為敏感的魚隻在用藥方面則要格外注意，要切記的是補救遠遠比預防來的麻煩耗時，因此寧願拉長檢疫時間，也不要貪一時之快，如果真的沒有空間、時間好好做檢疫，那就盡量挑選值得信賴的水族館購買魚隻，才能將風險降到最低。
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